Il personale della Unità di Genomica vanta 15 anni di esperienza nel settore delle tecnologie Next Generation Sequencing e mette il proprio know-how a supporto dei vostri progetti di ricerca. Utilizziamo piattaforme tecnologiche di ultima generazione ed offriamo supporto completo in molteplici applicazioni tra cui RNA-seq, DNA-seq, ChIP-seq, WGS, WES, pannelli genici oltre ad esperimenti di Single Cell profiling e Single Molecule sequencing. Offriamo supporto a Trials Clinici tra cui lo studio SAGITTARIUS finanziato dal programma Horizon Europe dell'Unione Europea.
L'Unità garantisce un supporto professionale per le differenti fasi del progetto di ricerca, dalla ottimizzazione del disegno sperimentale sino alla interpretazione funzionale del risultato ottenuto. È prevista la identificazione dell'approccio metodologico ideale per il raggiungimento dell'obiettivo sperimentale, il controllo di qualità degli acidi nucleici, la generazione delle librerie di frammenti indicizzate, il sequenziamento e la analisi dei risultati per applicazioni selezionate. Siamo disponibili alla personalizzazione di protocolli per esigenze specifiche. La consegna dei risultati di sequenziamento è effettuata via web, utilizzando una piattaforma con interfaccia intuitiva ed accesso protetto da password.
Innovazione
La nostra comprensione del funzionamento del genoma progredisce rapidamente, anche grazie al continuo aggiornamento delle metodiche di analisi basate su NGS. Rimanere aggiornati sui progressi tecnologici richiede un impegno costante. Siamo dediti alla continua implementazione di nuovi approcci per tenere aggiornate le nostre competenze e renderle disponibili alla comunità scientifica. Offriamo sequenziamenti Single Molecule Sequencing (Oxford Nanopore Technologies), ed applicazioni a singola cellula su strumentazione ChromiumX (10X Genomics).
Qualità
L'Unità di Genomica vanta oltre un decennio di esperienza nelle tecnologie genomiche, iniziato nel 2008 con l'acquisizione di un sequenziatore Illumina Genome Analyzer II. Nel corso degli anni, l'Unità ha ampliato le proprie competenze, integrando piattaforme diagnostiche certificate come MiSeqDx e NextSeq550Dx, attualmente operative. Inoltre, l'Unità può avvalersi dell'accesso a un NextSeq2000 e ad un NovaSeq6000 situati presso la sede di Catania. Effettuiamo controlli di qualità durante l'intero flusso di lavoro ed implementiamo criteri GLP (Good Laboratory Practice). Le nostre procedure ed i protocolli operativi sono aggiornati periodicamente per garantire la massima efficienza. Siamo partner in Clinical Trial, nei quali offriamo un ruolo operativo. Cogentech è una società Certificata ISO9001/2015.
Laboratorio certificato
UNI EN ISO 9001:2015 n. IT324391
Controllo di Quantità e Qualità (Qubit and TapeStation)
Analisi dei Dati
Lista completa
Analisi dei dati NGS disponibile per applicazioni selezionate (ChIPSeq e RNASeq, DNASeq, WGS LowPass, applicazioni ONT, informarsi per i dettagli) includente QC, filtraggio, allineamento al genoma di riferimento, identificazione di DEGs/peaks, annotazione, visualizzazione grafiche.
La Genomic Unit offre un'ampia lista di tipologie di sequencing per DNA, RNA, studi di epigenetica, approcci single cell e single molecule, e supporto bioinformatico per determinate applicazioni. Potete contattarci per ulteriori dettagli.
Si, possiamo utilizzare protocolli alternativi specifici per piccole quantità di RNA. Contattaci a genomicunit[@]cogentech.it per discutere meglio delle tue esigenze sperimentali.
La facility effettua di routine dei controlli per verificare quantità e qualità sia del materiale di partenza, sia dei prodotti intermedi e delle librerie finali (utilizzando la TapeStation per verificare l'integrità ed il Qubit per la quantifica delle concentrazioni di DNA/RNA).
Certamente. Devono essere fornite alla Genomic Unit possibilmente ad una concentrazione di 2nM, indicando la dimensione media della libreria (espressa in bp) e i dettagli degli indici utilizzati. Effettueremo comunque un controllo della concentrazione delle librerie fornite ed a richiesta anche una riveriifica della dimensione delle librerie alla TapeStation.
La facility e’ equipaggiata con un sequenziatore Illumina NextSeq550Dx, un Illumina MiSeqDx e un sequenziatore della Oxford Nanopore Technologies. Per esperimenti dove viene richiesto un throughput maggiore abbiamo a disposizione anche un Illumina NextSeq2000 ed Illumina NovaSeq6000Dx ubicati presso la sede di Catania.
Per minimizzare eventuali fallimenti nella corsa di sequenziamento effettuiamo un QC dopo ogni step sperimentale. Tuttavia a volte una corsa di sequenziamento puó fallire per diverse ragioni (ad esempio: malfunzionamento dello strumento, errore tecnico, problemi legati al campione). Se le successive verifiche dovessero indicare che il fallimento è causato da un nostro errore, l'analisi verrà ripetuta senza alcun costo aggiuntivo.
Nel caso i tuoi campioni non dovessero passare il QC, ti contatteremo direttamente per discutere delle eventali opzioni. Se possibile puoi reinviarci un campione sostitutivo, altrimenti èpossibile processare comunque il campione, in tal caso la facility si riserva da ogni responsabilità.
L'invio dei campioni deve essere effettuato a temperatura controllata (RNA in ghiaccio secco/DNA a +4 °C). Si prega di pianificare la spedizione in maniera da evitare la consegna dopo le 17:00 del venerdì o nei fine settimana. Le spedizioni in questi orari non saranno accettate. È vostro dovere assicurarvi che il controllo della temperatura sia garantito durante la consegna del campione. Se la spedizione del campione attraversa un confine extra-UE, i dazi doganali saranno applicati nella fattura.
L'indirizzo di spedizione è:
Genomic Unit c/o Cogentech
Via Adamello 16
20139 Milano (IT)
L'eventuale materiale biologico non utilizzato durante il processamento verrà tenuto a temperatura controllata per un periodo di 6 mesi oltre il quale sarà eliminato senza preavviso. L'utente ha facoltà di richiedere la restituzione dello stesso entro e non oltre tale termine. La restituzione verrà effettuata a carico dell'utente.
L'utente potrà scaricare i raw data in formato fastq.gz tramite un sistema di trasferimento web-based protetto da password. Nel caso sia stato richiesto il servizio di data analisi, i dati verranno consegnati come txt o jpg.
Puoi contattarci scrivendo una mail a genomicunit[@]cogentech.it.
Staff e Contatti
Simone Minardi
Simone Minardi si è laureato in Scienze Biologiche all'Università di Pavia nel 1997. Dopo due anni presso l'Istituto Mario Negri di Milano, ha deciso di focalizzarsi su una nuova tecnologia, i microarray. Ha iniziato a sviluppare questo approccio post-genomico all'Istituto Europeo di Oncologia, per poi passare all'IFOM e successivamente alla Cogentech, dove attualmente dirige la Genomic Unit.
Claudia Valli
Claudia Valli si è laureata in Scienze Biologiche all'Università degli Studi di Milano nel 2005. Successivamente ha conseguito un dottorato in Ricerca Farmacologica presso l'Istituto Mario Negri di Milano. Spinta dalla passione per gli aspetti tecnici della ricerca, nel 2009 è entrata a far parte della Microarray Unit, ora Genomic Unit, dove attualmente lavora come tecnico senior.
Mirko Riboni
Mirko Riboni, dopo un Diploma Universitario in Tecnico di Laboratorio Biomedico, ha iniziato nel 1997 a lavorare al Tigem di Milano in un gruppo di ricerca specializzandosi nell'utilizzo di sequenziatori automatici a metodica Sanger. Dopo tre anni si è trasferito all'IFOM. Come naturale evoluzione del percorso lavorativo, continua l'attività nell'Unità di Genomica di Cogentech, che utilizza il sequenziamento di nuova generazione (NGS) per supportare i gruppi di ricerca dell'istituto da oltre 15 anni.
Francesca Doyle
Francesca Doyle si è laureata in Molecular Biology and Genetics presso l’Università degli Studi di Pavia nel 2022. Durante gli studi ha svolto un tirocinio in un gruppo di ricerca presso l’Ospedale San Raffaele di Milano, dove si è approcciata alle tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS). Dopo gli studi, ha continuato a lavorare con queste tecnologie all’avanguardia unendosi alla Genomic Unit di Cogentech come tecnico junior.
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