Cosa Offriamo
Effettuiamo profili di espressione genica su RNA totale, miRNA, mRNA da cellule o tessuti di origine umana, murina e di altre specie.
Inoltre offriamo un servizio di analisi del genoma umano che permette lo studio del cariotipo molecolare, la genotipizzazione e l’identificazione di Copy Number Variations utilizzando arrays Affymetrix® ad altissima risoluzione.
Servizio
Il nostro laboratorio è in grado di fornire un supporto completo ai diversi progetti di ricerca, dal disegno sperimentale fino all’analisi dei dati. È altresì possibile eseguire protocolli di amplificazione e marcatura personalizzati per campioni difficoltosi come campioni FFPE o con basse quantità di RNA di partenza.
Innovazione
Periodicamente revisioniamo i nostri protocolli per garantire una performance sempre ottimale. Implementiamo le nuove applicazioni disponibili sul mercato per stare al passo con i progressi nel campo delle biotecnologie.
Qualità
Il nostro laboratorio utilizza le tecnologie microarrays dal 1999. Eseguiamo diversi controlli di qualità sui campioni nel corso dell’intero processamento, inoltre forniamo i risultati in accordo con le MIAME guidelines.
UNI EN ISO 9001:2015 n. IT324391
Servizi
Espressione
Genica
- Profilo trascrizionale
- Identificazione delle varianti di splicing
- Analisi dei lincRNA
- Analisi di miRNA maturi e dei pre-miRNA
- Protocolli per piccole quantità di materiale di partenza
Cariotipo molecolare e genotipizzazione
Cytoscan per l’analisi genomica di:
- Copy Number Variation (CNV)
- Localizzazione precisa dei breakpoint
- Perdita di eterozigosità (LOH)
- Regioni estese di omozigosi (LCSH)
- Disomia uniparentale (UPD) e Mosaicismi
Oncoscan per l’analisi genomica di campioni FFPE:
- Copy Number Variation (CNV)
- Identificazione di mutazioni somatiche in geni tumorali
Analisi
dei dati
- Individuazione di trascritti differenzialmente espressi
- Analisi di arricchimento e Gene Ontology
- Identificazione ed annotazione di anomalie genomiche
- Analisi Statistica
- Visualizzazione dei risultati
- Annotazione funzionale
FAQ
Di seguito una lista delle domande più frequenti:
Per avere informazioni o per rivolgere quasiasi domanda puoi scrivere a genomicunit[@]cogentech.it
È possibile contattarci direttamente (genomicunit[@]cogentech.it) per definire il tipo di esperimento che meglio si adatta alle tue esigenze. Una volta individuato numero e tipologia di arrays, la nostra amministrazione ti farà pervenire via mail un'adeguata offerta commerciale. Una volta ricevuta l'offerta accettata ed aver compilato il nostro request form è possibile procedere sperimentalmente.
La nostra facility è in grado di offrire un servizio completo, che include reagenti ed arrays. Tuttavia è anche possibile farsi carico direttamente dell'acquisto di arrays e/o reagenti e spedirli alla facility.
Noi utilizziamo le piattaforme microarray di Affymetrix, pertanto possiamo processare la maggior parte degli arrays disponibili sul sito Affymetrix. Nel caso di dubbio su quale sia la tipologia di array più idonea al tuo esperimento possiamo aiutarti nella scelta.
Certamente, ad un costo aggiuntivo è possibile avere il servizio di analisi dati.
No, la facility accetta solamente acidi nucleici già estratti.
Per il Gene Expression Profiling: almeno 500 ng di RNA risospeso in 10-30 μl di acqua RNase-free, è consigliato effettuare un trattamento con DNase per eliminare eventuali contaminazioni di gDNA; per questa procedura è possibile utilizzare le colonnine QIAGEN RNEasy Micro Plus, che permettono di effettuare cleanup+DNAse treatment in un unico passaggio.
Per l'analisi dei miRNA: almeno 1μg di RNA totale in 10 ul di acqua RNase-free..
Per il Whole-Genome Copy Number Analysis: almeno 500 ng di DNA genomico risospeso in 10-15 μl di acqua nuclease-free.
Sì, possiamo utilizzare protocolli alternativi specifici per piccole quantità di RNA. Contattaci a genomicunit[@]cogentech.it per discutere meglio delle tue esigenze sperimentali.
Certamente, il servizio procede di routine al quality control del RNA con il Bioanalyzer Agilent.
Da questo link è possibile scaricare il nostro request form con dettagliate istruzioni sul servizio.
L' invio del materiale biologico deve essere effettuato a temperatura controllata (RNA in ghiaccio secco/DNA a +4 °C). Si raccomanda di evitare che durante il trasporto la spedizione resti in giacenza a temperatura non controllata. Durante i weekend non sono accettati campioni, pertanto è bene programmare la spedizione dal lunedì al giovedì.
L'indirizzo di spedizione è:
Cogentech
Microarray Service
Via Adamello 16
20139 Milano
L'eventuale materiale biologico non utilizzato durante il processamento verrà tenuto a temperatura controllata per un periodo di 4 mesi oltre il quale sarà eliminato. L'utente ha facoltà di richiedere la restituzione dello stesso entro e non oltre tale termine. La restituzione verrà effettuata a carico dell'utente.
L'utente riceverà una mail contenente un link dal quale sarà possibile eseguire il download dei risultati. Il formato dei dati è disponibile come .CEL files. Nel caso sia stato richiesto il servizio di data analisi, i dati verranno consegnati come txt o jpg.
Puoi scrivere a genomicunit[@]cogentech.it.
Staff e Contatti
Simone Minardi
Simone Minardi si è laureato in Scienze Biologiche all'Università di Pavia nel 1997. Dopo due anni presso l'Istituto Mario Negri di Milano, decide di focalizzare le sue energie su una nuova tecnologia, i microarrays. Inizia a sviluppare questo nuovo approccio post-genomico al Istituto Europeo di Oncologia, per poi passare al IFOM e nei ultimi anni in Cogentech alla guida della Microarray Facility.
Mirko Riboni
Mirko Riboni dopo un Diploma Universitario in Tecnico di Laboratorio Biomedico, inizia nel 1997 a lavorare al Tigem di Milano in un gruppo di ricerca specializzandosi nell’utilizzo di sequenziatori automatici a metodica Sanger per spostarsi dopo tre anni in IFOM. Come naturale evoluzione del percorso lavorativo continua l’attività nell’ Unità di Genomica , che utilizzando il sequenziamento di nuova generazione , NGS , supporta i gruppi di ricerca dell’istituto da oltre 10 anni.
Claudia Valli
Claudia Valli si è laureata in Scienze Biologiche all’Università degli Studi di Milano nel 2005. Durante gli anni successivi consegue il phD in Specialista in Ricerca Farmacologica presso l’Istituto Mario Negri di Milano. La passione per l’aspetto tecnico della ricerca la porta nel 2009 alla Microarray Unit, ora Genomic Unit, dove attualmente lavora come senior technician.
Contatti
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+39 02 574303856 - Email
genomicunit [@] cogentech.it
